Klachten bij PDS zijn een wisselend ontlastingspatroon, dus afwisselend
obstipatie en
diarree. Vaak heeft de patient last van gasvorming in de darmen, buikpijn, een opgezette buik en winderigheid, vooral na de maaltijd. Daarnaast kan men hierdoor ook last krijgen van misselijkheid, een verminderde spijsvertering,
vermoeidheid, klachten bij het plassen en klachten als stress, angst en depressie. Het prikkelbare darm syndroom kan van tijdelijke aard zijn of kan chronisch (langdurig) aanwezig zijn. Meestal zijn bij chronische PDS de klachten niet constant aanwezig.